В 2007 году деятельность незарегистрированной Национал-большевистской партии Эдуарда Лимонова была запрещена судом. Решение было основано на трех предупреждениях прокуратуры о недопустимости осуществления экстремистской деятельности, вынесенных по акциям и статьям членов партии. Символика — флаг, похожий на знамя Третьего Рейха, со стилизованным гербом СССР в центре — также оказалась запрещенной. Впоследствии национал-большевики использовали флаг с изображением гранаты («лимонки»).
НБП с 1998 года 5 раз получала отказ в регистрации в качестве политической партии. Решением Московского областного суда в 2005 году межрегиональная общественная организация «Национал-большевистская партия» была ликвидирована с исключением из Единого государственного реестра юридических лиц.
22 марта 2007 года московская прокуратура приостановила деятельность НБП вплоть до решения Мосгорсуда. 19 апреля 2007 года Мосгорсуд признал НБП экстремистской организацией и запретил её деятельность на территории РФ.
Согласно решению суда, прокуратура в 2007 году трижды выносила предупреждения о недопустимости осуществления экстремистской деятельности, которые обжалованы не были. Эдуард Савенко (Лимонов) заявлял, что НБП как организации с 2005 года не существует и он не мог обжаловать предупреждения, вынесенные несуществующей организации.
Первое предупреждение касалось акции Мусатова К.Ю., Чекунова С.В., Павленко Е.Я., Башина М.А. и Милюка А.Н. в Санкт-Петербурге. Согласно решению суда, они, применив насилие, не опасное для жизни и здоровья в отношении инспекторов службы 1-го полка милиции № 3 УВО при ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, тем самым, причинив им физическую боль, проникли в зал заседаний Законодательного Собрания Санкт-Петербурга, где рассредоточились по залу и стали разбрасывать листовки от имени НБП, содержащие оскорбительные сведения в отношении депутатов ЗакС.
«В своей листовке нацболы потребовали: честные выборы без использования административного ресурса и с одномандатными округами; свободный доступ граждан на заседания ЗакСа; введение моратория на уплотнительную застройку; реальное повышение городских надбавок бюджетникам и пенсионерам, не на 200-300 рублей, а в 3-4 раза единовременно; замораживание цен на коммунальные и транспортные услуги», — говорится на сайте «Другой России». При этом активисты выкрикивали: «Нам не нужен такой ЗакС», «Такой ЗакС — позор для города», «Тюльпанов — враг Петербурга».
Против участников акции были возбуждены дела по статьям 318 и 319, в дальнейшем они были закрыты в связи с примирением сторон. На момент запрещения НБП судебного решения по акции и виновности активистов не было.
Второе предупреждение было вынесено в связи с распространением в 2005 — 2006 гг челябинскими активистами Назаровым А.А., Герасимовым И.Н., Огольцовым К.С. газеты PARA BELLUM, при этом Герасимов писал статьи для газеты, Назаров редактировал и верстал компьютерную версию, Огольцов согласовывал с органами власти пикеты, на которых газета распространялась. Все трое были признаны виновными по части 2 статьи 282 УК РФ (пункт «в»), по части 3 статьи 212 УК РФ и по статье 280 УК РФ. При этом еще до приговора суда челябинские активисты были исключены из НБП за расхождение с партийной идеологией.
Третье предупреждение было связано с тем, что 11 марта 2007 года Червочкин Ю.М., Климов С.В., Сидорин В.В. ворвались на избирательный участок в Одинцово, развернули флаги с символикой НБП, зажгли дымовые факелы, пытались разбрасывать листовки и перевернуть урну с бюллетенями. Также данные граждане применили насилие к председателю избирательной комиссии — Стреляеву С.Ф., получившему скальпированную рану ладони правой руки при попытке воспрепятствовать действиям указанных лиц.
На момент запрещения НБП суд по акции на избирательном участке не состоялся, факт преступления и виновность обвиняемых не были установленными, однако Мосгорсуд в решении о запрете партии указал: «Факт совершения указанных действий подтверждается собранными по делу Доказательствами… Факт совершения указанных действий Червочкиным Ю.М., Климовым С.В., Сидориным В.В. не оспаривался Савенко Э.В.».
7 августа 2007 г. Верховный суд РФ подтвердил решение Мосгорсуда о запрете НБП. После примирения сторон по делу об осорблении петербургских депутатов в Верховный суд РФ было подано заявление о пересмотре дела по вновь открывшимся обстоятельствам, но 1 апреля 2008 года жалоба вновь была отклонена.
Впоследствии активисты запрещенной НБП пытались зарегистрировать новую организацию под названием «Другая Россия». Тем не менее, ряд национал-большевиков привлекались к уголовной ответственности за участие в деятельности запрещенного объединения.
